L'établissement remplit une triple mission:
En matière de santé :
- Assurer les activités de diagnostic, de soins, d'hospitalisation et des urgences médico-chirurgicales,de prévention ainsi que de toute activité concourant à la protection et à la promotion de la santé de la population.
- Appliquer les programmes nationaux, régionaux, et locaux de santé.
- Participer à l'élaboration des normes d'équipement sanitaire scientifique et pédagogique des structures de la santé.
- Contribuer à la protection et à la promotion de l'environnement dans les domaines relevant de la prévention,de l'hygiène, de la salubrité et de la lutte contre les nuissances et fléaux sociaux.
Outre les tâches prévues aux alinéas ci-dessus, le CHU assure pour la population résidant à proximité et non couverte par les secteurs sanitaires environnants, les missions dévolues au secteur sanitaire telles que fixées à l'article 5 du décret exécutif n° 97-466 du 2 Chaâbane 1418 correspondant au 2 décembre 1997 susvisé.
En matière de formation :
- Assurer, en liaison avec l’établissement d'enseignement supérieur de formation supérieure en Sciences médicales à la formation graduée et post-graduée en sciences médicales et de participer à l’élaboration et à la mise en œuvre des programmes y afférents .
- Participer à la formation, au recyclage et au perfectionnement des personnels de santé.
En matière de recherche :
- Effectuer, dans le cadre de la réglementation en vigueur, tous travaux d'étude et de recherche dans le domaine des sciences de la santé .
- Organiser des séminaires, colloques, journées d'études et autres manifestations techniques et scientifiques en vue de promouvoir les activités de soins, de formation et de recherche en sciences de la santé.